今から約千年前、平将門は時の朝廷の政策に憤りを覚え乱（天慶の乱）を起こした。
しかし藤原秀郷・平貞盛等に鎮められ、将門は捕えられ首を討たれた。
その首は京都に送られさらし首となったが、
故郷恋しさのあまり獄門を抜け出し関東へ戻ろうと飛び立った。

この異変を知り、美濃の国南宮神社では、
将門の首が関東に戻ることにより再び乱の起こることを恐れ祈願したところ、
神社に座す隼人神が矢をつがへ東に飛びゆく将門の首を射落とした。
（その時、隼人神の射た神矢が飛んでいった道筋を矢の通った道であるとして、
現在の大垣市矢道町がある。）

この首が落ちた荒尾の地に将門公を神として崇め祀ることによって
再びその首が関東に戻らぬよう、その怒りを鎮め霊を慰めるために創建されたのが、
御首神社であると伝えられています。という神社です。